鑑於本校環境污染日益嚴重及配合政府之環保改善政策，民國78年由理學院郭前院長光雄，工學院汪前院長群從、農學院吳前院長聰賢、蘇教授仲卿、化學系彭前主任旭明、環工所蔣教授本基與曾教授四恭，共同召開了數次的"國立臺灣大學環境污染座談會"。

於民國78年9月20日第4次環境污染座談會通過「國立臺灣大學環境保護中心組織規劃草案」，在孫前校長震的大力支持下，經79年1月16日第1675次行政會議通過，民國79年2月全國大專院校第一個「環境保護中心」於焉誕生，旨在防止校園環境污染與提昇校園環境品質。並因應業務需求分設6組：企劃組、空氣污染、噪音及振動防治組(簡稱空噪組)、水污染防治組(簡稱水污組)、毒性物質及廢棄物管制組(簡稱毒廢組)、輻射防護組(簡稱輻防組)、生物性污染防護組(簡稱生污組)。

82年12月勞委會公告指定大專院校之實驗室、試驗室、試驗工場、實驗工場等場所適用「勞工安全衛生法」，本校相關勞安衛業務由環境保護中心承辦。

86年3月本中心由原本6組增設職業安全組、職業衛生組成為8組。

考量組織架構及配合實際業務所需，進行業務整併，空氣污染、噪音及振動防治組併入職業安全組，水污染防治組併入毒性物質及廢棄物管制組與生物性污染防護組，將8組業務合併為6組並予以更名：綜合業務組、危害性物質與廢污管制組、輻射防護組、生物性污染防護組、職業安全組、職業衛生組，配合本校組織章程修正，89年6月27日第2158次行政會議通過本校環境保護暨職業安全衛生中心設置辦法，89年10月21日經89學年度第1學期第1次校務會議通過，正式更名為「環境保護暨職業安全衛生中心」。